サイレントメビウス2THE MOTION PICTURE

目の前で妖魔に母親を殺された香津美は、悲しさのあまり日本を去ろうとするが、ＩＤはＡＭＰ（対妖魔特殊警察）によって書き換えられ、出国できなかった。怒った香津美はＡＭＰに乗り込むが、そんな彼女にラリー課長はＡＭＰの一員になるよう言う。しかし今や何も信じることのできない状況の香津美はＡＭＰの建物を出て、酸性雨の街をさまようばかり。そんな時、彼女はひとりの少女、彩孤由貴と知り合い、心を和ませる。何者かの呼ぶ声に封鎖地区のベイ・ブリッジに向かった2人の前に現れたのは、死んだ母の実家であった。自らの秘密を知るために屋敷に踏み込む香津美だったが、そこには彼女の力を手に入れて、封印された仲間たちを復活させようとする2匹の妖魔の恐るべき罠が待ち受けていた。香津美を護衛していたＡＭＰのキディと那魅が駆けつけ妖魔に立ち向かうが、逆に絶体絶命のピンチに。その時、父の形見のペンダントが輝きだし、父と母の声が聞こえてきた。父・ギルゲフと妖魔の関係、彼女に託された両親の願いと使命が明らかにされたとき、超次元の力が香津美を包み、ついに妖魔を倒すのだった。